Что такое порт в системе FreeBSD?
Как в системе FreeBSD обновления портов?
В системе FreeBSD порт — это директория с минимальным набором файлов, необходимым для нахождения и скачивания к вам на сервер(машину) исходных текстов программ, конфигурирования, компиляции и установки готовой программы.
Структура порта представляют из себя файлы(сценарии), записанные в текстовые файлы.
Порт состоит из нескольких файлов:

distinfo
Makefile
pkg-plist
pkg-descr
files

Описания:
distinfo — Содержит список имен файлов для скачивания, контрольные суммы для проверки подлинности программ(файлов).
Makefile — Основной сценарий, содержит информацию о разработчике, версии, зависимостях данного приложения, различные опции конфигурирования порта.
pkg-plist — Содержит список файлов, которые будут собраны в процессе установки программы, с директориями назначения, а так же регистрации программы в базе данных пакетов.
pkg-descr — Содержит краткое описание программы (офф. сайт, информация о разработчике и т.д.).
поддиректорию files — В директории находятся различные дополнения к порту.

Раньше обновления портов в системе FreeBSD происходила чуть по другому, сейчас же все обстоит проще.
Оставлю пометку, может кому-нибудь да пригодится.
Обновления портов на данный момент происходит с помощью порта portsnap, по умолчанию портснам в системе установлен.
Если не установлен, то устанавливаем его.

# cd /usr/ports/sysutils/portsnap && make install clean

Конфигурационный файл /etc/portsnap.conf
Для меня достаточно и стандартных настроек, но вы можете указать жестко с какого зеркала обновлять порты, какие части портов не нужно обновлять, на мой взгляд эти действия лишние, все хорошо уже за вас настроено.
Приступ к обновления портов:
fetch — Скачивает снимок ( snapshot ), основного дерева портов с указанного в конфигурации сервера.
extract — Разворачивает дерево портов, данная команда полностью удаляет существующее дерево портов, включая все внесенные в него изменения, как правило выполняется в первый раз и в случае, если нужно получить, чистое дерево портов.
update — Служит для, непосредственно, обновления, основного дерева портов.
…
А также есть пункты cron, path.

# portsnap fetch extract update

После обновим базу установленного софта.

# pkg2ng
Converting packages from /var/db/pkg
Analysing shared libraries, this will take a while... 
Checking all packages: 100%

Теперь можно обновлять, устанавливать софт.

Вот и вся инструкция как в FreeBSD обновления портов.