Постараюсь рассказать как правильно в mysql смена ветки версии сделать!
Инструкция как правильно обновить базу данных mysql, сменить ветку софта.
Несколько раз спрашивали у меня как правильно сменить, обновить версию mysql.
Моя система FreeBSD, старая ветка mysql 56 обновляем до mysql57.

1 делаем бэкап баз данных!
2 останавливаем базу и на всякий случай остановим вэб сервер, чтобы случайно не записать данные в базу.
3 Удаляем порты сервер и клиента базы (mysql56-server и mysql56-client).

pkg delete -f mysql56-server mysql56-client

4 Устанавливаем свежий софт (mysql57-server и mysql57-client)
5 Запускаем mysql и проведем обновление системных таблиц:

mysql_upgrade -u root -p

6 Проверим наши таблицы на ошибки и исправим/оптимизируем если возможно.

Восстановление таблиц.
mysqlcheck -Ar -p
Оптимизация таблиц.
mysqlcheck -Ao -p

7 открываем доступ ( запускаем вэб сервер ) к базе.
Вот и вся мини инструкция, как правильно в mysql смена ветки версии реализовать.